Voda je jednou z nejdůležitějších podmínek života na Zemi a není tomu jinak ani v přírodní rezervaci "Údolí Doubravy". V údolí řeky Doubravy lze spatřit mnoho zajímavých tvarů reliéfu, které řeka na své cestě tímto údolím vytvořila. Na některých místech se výrazněji projevuje erozní činnost vody, na jiných akumulační. Řeka významně ovlivňuje jak abiotické (neživé) tak i biotické (živé) složky tohoto ekosystému.
Z rybí fauny zde žije například pstruh obecný (Salmo trutta), hrouzek obecný (Gobio gobio) a mřenka mramorovaná (Noemacheilus barbatulus). Podél toku nachází potravu nápadně žlutě zbarvený konipas horský (Motacilla cinerea). Velmi početně je také zastoupena skupina bezobratlých živočichů, mezi zajímavé a všeobecně známé zástupce patří rak říční (Astacus fluviatilis).
Pod námi je starý mlýnský náhon, který přiváděl vodu k Hornímu mlýnu, dnes zásobuje turbíny malé vodní elektrárny. Horní mlýn stával do svého vyhoření v roce 1982 na louce před vstupem do údolí. Známým se stal jako rodiště spisovatele Ignáta Herrmanna, který se zde narodil v roce 1854.